SIT Fatahillah berdiri pada tahun 2016 dengan berdirinya SDIT Fatahillah dan 2019 melangkah ke tahapan yang ke-2 yaitu mendirikan SMP IT Fatahillah. SIT Fatahillah merupakan salah satu wadah pendidikan umum yang dipadukan dengan kurikulum Diniyah, dalam rangka mencetak generasi Islam Berkualitas yang siap menghadapi perubahan zaman. Lembaga Pendidikan ini mengembangkan sistem pendidikan islam dengan memperhatikan dan mengembangkan aspek Kecerdasan (kognitif), Keterampilan (psikomotorik) dan Sikap (afektif) dengan seimbang sehingga sekolah mampu membangun kebiasaan atau karakter tertentu, yang akan menjadikan peserta didik menjadi sosok yang berkepribadian baik/berakhlak mulia.